王士珍发现自己的部队已经成为孤军，迫不得已地下令放弃阵地突围撤退。
雷霆纵队乘势占领了宝山和大厂，正准备继续追击的时候，张智展下令停止追击。于是王士珍部逃脱了雷霆纵队的追击，收拢安顿退下来的部队后，赶快到袁世凯的指挥部报告情况。
袁世凯看到王士珍狼狈不堪的样子很怜悯，没有责备他，而是安慰他，没等王士珍说话就说：“你不用说了，情况我已经知道的差不多了，胜败乃兵家常事，不必灰心丧气！”
王士珍“嗨”了一声说：“大人！唐军这次进攻动用了海军、陆军、还有会飞的怪异武器。进攻的规模之大前所未有，我已经尽力了，让袁将军失望，我确实无能为力啊！”
袁世凯说：“我知道你尽力啦！唐军发动如此大规模的进攻，无非是因为我们没有同意他们的条件，发动进攻给我们增加压力，以便在谈判中掌握主动权！同时削弱我们的实力，同时展示他们的实力！”
王士珍接着说：“大人！这次战斗还有一个情况，今天配合我们作战的日军在我们遭到雷霆纵队的进攻后，他们突然不辞而别擅自撤出阵地，导致我军侧翼直接暴露在唐军的炮火之中，造成第三协被消灭，一千多个弟兄一个也没回来！”
袁世凯说：“教训啊！日本人的本性谁不知道啊！以后要多注意日本人的动向，你回去吧！”
袁世凯立即派人去请山县有朋。山县有朋知道袁世凯一定是追究日军擅自撤退的事，马上带着加藤正三来到袁世凯的指挥部。
袁世凯见到山县有朋到来，没有让座就阴沉着脸，开门见山地问：“山县将军！你们的部队应该配合我们作战，为何不辞而别擅自撤出战场，导致我军被唐军包围，损失惨重，造成宝山、大厂失守的严重后果。山县将军你现在应该给我一个合理的解释！”
山县有朋点头哈腰说：“司令长官阁下息怒！这件事情我已经调查过了，我军撤退是第一联队联队长加藤正三擅自作主所致。对这种行为我们也不允许，一定要对他进行处罚，我已经把他带来了，把他交给你，任由你处置，加藤君！你一定要认识到所犯错误的严重性，接受处罚，把当时的情况实事求是的告诉袁将军，争取袁将军的宽大处理”
加藤正三说：当时我们的阵地没有插白旗，唐军调集了大批部队向我们驻守的阵地发动猛烈进攻，我的部队伤亡很大，而且马上要被包围，为了摆脱被歼灭的危险，我无奈命令部队撤出阵地，请袁将军明察！”
袁世凯怒道：“就算你说的是真的，也应该通告我军后再两军交替掩护撤退。而你呢，擅自撤退，陷我军于危险境地，罪不可恕！”
看到袁世凯发怒，加藤正三赶紧立正低头说：“卑职知错，请司令长官责罚吧！”
袁世凯说：“按军令本该斩首示众，看在山县将军的面子上，我暂时留你一命，让你到前线阵地上戴罪立功，如果不能夺回失去的阵地，一定按军法从事，决不轻饶！”
加藤正三深深的鞠躬说：“嗨！谢袁将军！”
回到驻地，加藤正三问山县有朋：“将军！难道我们要全心全意地帮助清政府打仗吗？”
山县有朋语重心长地说：“虽然我们这次出兵是为了捍卫帝国的利益并通过战争获取更多的利益，但是，我们的举动应该表现出是为了清廷的样子，不能让他们看出我们的意图，中国有句话叫欲盖弥彰，知道意思吗？”
加藤正三说：“嗨！明白长官的意思！”
第二天雷霆纵队继续向联军阵地发动进攻，直升机除了给地面部队提供火力支援外，还对一些重要目标进行空袭，炮兵阵地，黄浦江里的军舰，正在顽强抵抗的步兵阵地，都受到了格外“关照”。
在飞行的过程中飞行员叶军发现一座房子的房顶上架设的电台天线，就对副驾驶陈飞说：“前面的房子上有电台天线，可能是袁世凯的指挥部吧！飞过去看看！”
陈飞说：“情报上说清军的电台配备到了镇（师）一级，未必是袁世凯的指挥部，也可能是他下属部队的电台所在地！”
叶军说：“有枣没枣先打三竿子，管它（那座房子）是不是袁世凯的指挥部，给它两发炮弹尝尝！”于是开着飞机向着那座房子飞去，到了它上空，叶军把机上仅剩的两枚炸弹全部投了下去，看到那座房子被炸之后冒起了熊熊大火，有人乱跑，又用机枪扫射了一番，开着飞机在周围盘旋一圈后扬长而去。
不出叶军所料，被他们炸的房子正是袁世凯指挥部的电报室。飞机飞到指挥部上空的时候，袁世凯也听到了嗡嗡声，紧接着他就听到了爆炸声和机枪扫射的声音。等到嗡嗡声渐渐远去之后，袁世凯冲着外面喊道：“来人!”
袁保走进来问：“大人！有何吩咐？”
袁世凯说：“你去看看刚才的爆炸声是怎么回事！”
袁保跑到现场看了后回到办公室，向袁世凯报告说：“大人！电报室被唐军炸了！”
袁世凯听后赶紧到院子里查看，他看到电报室的方向仍然浓烟滚滚，一些士兵正在灭火救人。这时一个军官来向袁世凯报告说：“大人！电报室被炸没了，四个报务员全部殉职，两部电台也被炸没了！”
袁世凯听了惊呀的说“啊！你说什么？嗨！怎么会这样啊？”
“袁保！快去把王士珍、冯国璋、段祺瑞、段芝贵叫来，我有急事！”王士珍、冯国璋、段祺瑞、段芝贵四个人都慌慌张张的先后来到，袁世凯说：“唐军这两天的进攻声势浩大，给我军造成了很大的伤亡，更重要的是，他们发现了我们的指挥部，电台室被炸，报务员被炸死。如果再打下去我们肯定会全军覆没，所以必须当机立断，抓紧与唐峰部队谈判，不能再拖了，不知各位意下如何？”
段祺瑞问道：“这次还要求唐军按起义部队的待遇对待我们吗？”
袁世凯答：“不用了，他们接受我们投诚也行！”
段芝贵略加思索后说道：“大人！我们和唐军从济南一路打到上海，给他们造成过很大的伤亡，他们会接受我们投诚吗？”
冯国璋反驳段芝贵道：“接受我们投诚，他们就可以顺利占领上海，可以扫清进军金陵的障碍，可以得到几万训练有素装备精良的部队，还可以封锁清政府争取外援的通道，可以对金陵形成两面夹击的态势，还能获得全国最大的兵工厂，他们肯定会接受的！”说完之后冯国璋看向袁世凯，想得到他的认可，却见袁世凯双眉紧皱，满脸严肃，没有回应。
过了一会儿袁世凯才说：“芝贵说得对，我们和唐军过节很深，要想让唐军信任我们，必须给他们准备一份见面大礼。我想在唐军接受我们投诚之后，立即向日军阵地发动进攻，以此向唐军展示我们投诚的诚意！”
王士珍听到这里，眼前一亮说：“大人！我建议向加藤正三的部队发动进攻，他们刚刚遭受过唐军的打击，我们再给他致命一击，能把日本人全部消灭掉更好！”
袁世凯说：“我命令，王士珍，冯国璋马上做向日本人进攻的准备工作，段祺瑞负责和雷霆纵队谈判，其他部队在阵地待命！各位要保守秘密，如有违反严惩不贷！”