回到大同镇城之后，刘君韬并没有立即对大同镇各处兵马进行整顿，而是让大同镇总兵官薛桐继续按部就班的维持局面，准备先处理一些其他事务。
此时，刘君韬虽然已经对大同镇城各处兵马有了全面的了解，但是对山西其余大部分地方的明军情况并不了解，在弄清了整个山西兵马的状况之前，还不是全面开始整顿的时候。
天顺二年六月，大同镇城。
这段时间以来，刘君韬派出了数千名天策军将士，分成了几十队人马，前往山西各处城池、关隘、堡垒进行查勘，对山西各地驻军的实际情况进行了核查。
在此之前，山西各地驻守将领已经将各自兵马、钱粮、军械的文册全部上交了，刘君韬也是命人抄录了几十份，让各队四下核查的天策军将士携带核对之用。
同时，刘君韬还特意明面下令，山西各地将领均不得阻拦天策军将士核查兵马情况，不管是谁，只要是阻拦、阻碍天策军将士核查各地兵马情况，天策军将士均有权当场格杀勿论！
一时间，山西各地驻守将领为之肃然。
随着各队天策军将士不断发回消息，刘君韬的心情也是越来越坏，到了最后甚至已经开始破口大骂了！
山西一直以来都是京畿的左膀右臂，山西兵马是否堪战，直接关系到京畿的安危！
此番核查下来，刘君韬看着一份份的核查报告，一颗心已经沉进了河底。
综合看来，山西一省的兵马，竟然以大同镇兵马最为强悍！
要知道，大同镇兵马在刘君韬的眼里，也可以用“乌合之众”来形容的，虽然大同镇兵马也正面硬碰硬和瓦剌大军血战过，但这并不能说明什么，依旧改变不了大同镇兵马不堪战的现实。
然而一番核查下来，山西各地的兵马竟然全都远远不如大同镇兵马堪战，这让刘君韬看不到山西明军的未来，这样的兵马到底应该如何整编？这样的兵马可还有整编的必要？
一时间，刘君韬甚至有了一个将山西各地兵马全部就地解散，而后重新招募、建军的冲动！
不过仔细一想，先不说朝廷和兵部会不会允许刘君韬这么做，这样的做法和刘君韬私自建军没有任何区别了，就说这样做所需的钱粮也是天文数字，朝廷那边是不可能支援的，光靠商部和山东镇那边，也是不堪重负的！
刘君韬不得不放弃了这个想法，可是回过头来，刘君韬再看着手中汇聚的资料，心中又是翻腾不已：
山西各地驻军将领普遍吃空饷，各地兵马普遍是缺额三成，少数将领吃空饷甚至达到了四成、乃至五成！只有极个别的将领吃空饷比较少，在一、二成左右。
即便是这样，各地将领对现有将士还是克扣军饷，甚至还从将士们的口粮中扣银子，历年都是惹出了不少的事端。
除了这两个捞银子的途径，山西各地将领还在大军军械的打造上做文章，不少地方驻军的军械都是“不堪一击”，这些银子肯定也是被各级将领吞下了。
其次便是山西各地驻军兵备废弛，各地的堡垒、隘口、哨所都是破旧不堪，甚至一些地方的堡垒、隘口都是已经濒临荒废了，这种情况让刘君韬怒不可遏。
这汇聚到刘君韬手中的情况中，还有情报部送来的情报，是情报部对山西各地将领暗中调查的情况。
按照情报部的暗中查勘，山西甚至还有一些将领暗中通虏，这些将领暗中向瓦剌贩卖铁器、粮食、茶叶和药品，这些都是朝廷明令禁止贩卖出境的物资！
现在瓦剌已经覆灭，这些将领又是纷纷和鞑靼部取得了联系，开始充当鞑靼部的卖家。
看到这里，刘君韬不禁想起了后世明末的晋商八大家！
明末的时候，就是这八家晋商不断给关外的蒙古人和清军运送铁器、药品等各类物资，甚至直接贩卖明军的各种兵备，还将九边各地明军的驻防情况、各类情报作价，贩卖给清军鞑子，积累下了丰厚的身家。
这些晋商根本没有家国观念，没有荣辱气节，没有华夷之辨！
这些奸商的眼中只有白花花的银子，只有自家的荣华富贵！
现在，山西那些和鞑虏有往来的将领，就是晋商一类的汉奸！
对于这样的人，刘君韬就只留给他们一条路，那就是杀无赦！
于是，刘君韬暂时压住心中的怒吼，一面开始在军部、赞画部的协助下，准备对山西各地驻军进行全面的整顿，同时让情报部尽快搜集齐那些通虏将领的罪证，让稽查部做好锄奸、拿人的准备！
与此同时，商部和民部也是在山西各地开始了全面行动，商部在山西各地大举铺开局面，到了现在已经盘下了几十处店铺，并且在大同镇城以北开设了十几处牧场和草场，估计到了明年各处产业大部分就可以盈利了。
而民部也是通过购买和开垦，积累下了大片的农田，将山西各地的流民、贫困农民招募了过来，全部划在了民部之下，成为了幕府下面的后备兵力，现在已经按照山东镇的模式，开始对这些安顿在各地农庄的人力进行编组和训练了。
此时，幕府各部的事务都是通过中枢部来协调的，刘君韬收到的各部汇报，也是中枢部代为呈报的。
当刘君韬准备对山西各地通虏将领动手的时候，中枢部部长蓝思齐前来送文书，刘君韬便正好向蓝思齐询问了一下意见。
蓝思齐想了一下，说道：“督宪，卑职觉得此事还是慎重一些的好。”
“哦？为何？”
“现在督宪初来山西，根基还是不稳的，所以凡事都要稳定为上。那些通虏的将领固然可恶，都是罪该万死之人，但也应该明证其罪，公开审判为上，否则由稽查部剑锋司出手，会让山西上下人人自危的！”
刘君韬沉吟了一番，也是点了点头。
虽然刘君韬心中对这些祸国殃民的败类深恶痛疾，恨不得将这些人全部斩尽杀绝，但是也是认可蓝思齐所说的话，还是很有道理的，自己可不能因为这些汉奸而乱了阵脚，让自己接下来的计划受阻。
于是，刘君韬便说道：“这样，给稽查部下令，让部长黄武将那些通虏之人全部盯死了，只要情报部那边尘埃落定，便立即拿人，全部抓回大同镇城来，本镇要公审这些败类，杀人立威！”
“得令！”
次日，稽查部的快马由大同镇城各处城门分头出城，朝着山西各地飞驰而去。