山西、浙江战事均告一段落后，各路部队上报了下一阶段各自的作战计划，总参谋部汇总整理后报给总司令。
唐峰签发了总司令部《关于武昌会战之作战方略》：刘伟晨率领主力部队从金陵出发，水陆并进，向西进发攻占安徽省、江西省，兵锋直指武昌城。驻扎在河南省的部队向湖北进发，配合刘伟晨部的行动。正在东北整训的部队也进入一级战斗准备状态，随时准备入关作战。
《关于武昌会战之作战方略》强调：此次武昌会战，最终目的并不只在于武汉三镇之得失，雷霆纵队主力部队在以武昌城为中心的广大地区内，消灭敌军的有生力量，抓获光绪帝终结清朝政府的统治。
就在此时，光绪帝也签发了《救国诏书》命令安徽境内的清军后撤到安庆一线会同江西境内的清军共同阻止叛军西进。还命令西南三省的部队全部动员起来，随时准备开赴湖北增援。在诏书中光绪帝写道：此次大战，事关大清帝国兴亡大事，上至将军下至兵卒，皆应效仿咸丰年间曾文正公（曾国藩）与长毛（太平军）作战之氛围，奋勇杀敌，击退叛军。
刘伟晨收到唐峰签发的文件之后，马上在金陵召开会议，宣读了《关于武昌会战之作战方略》。随后对大家说：“可以看出，对《武昌会战之作战方略》的实施总司令非常重视，把它作为彻底推翻清朝统治的重要一环，我们都必须重视起来，确保《武昌会战之作战方略》的贯彻执行，确保取得武昌会战的胜利。想必清军方面对此也非常重视，所以接下来必定是一场恶战，大家一定要做好准备！”
刘伟晨环视一周，他的目光停在了张智展身上，说道：“现在我命令，张副总参谋长立即率领作战处、情报处的工作人员会同李鸿章部长一起制定《武昌会战之作战方略》作战计划并报总司令部。”
张智展起立回答：“保证完成任务！”
张智展率领作战处和情报处的工作人员，日夜加班，听取团级以上军官的建议，制定出了一份首先攻占安庆，进而占领湖口、九江、黄州，最后直逼武昌城的作战计划。刘伟晨看过之后上报总司令部，唐峰批复同意。刘伟晨随即下令开始行动。
雷霆纵队的部队准备进攻泸州府的时候，驻守在这里的清军得知消息后早已无影无踪，雷霆纵队顺利进入泸州府城，刘伟晨率领指挥部进驻安徽巡抚衙门（泸州是当时的安徽省会）。
刚安顿好，卫兵向他报告说：“总参谋长！李鸿章副部长求见！”
刘伟晨说：“快请他进来！”李鸿章在卫兵地搀扶下走进刘伟晨的办公室，刘伟晨跟他打招呼让座。
李鸿章从公文包里拿出一沓纸，说：“参谋长，请过目！”
刘伟晨接过来，发现这是一张安徽省地图，这张地图上标注的非常详细，安徽境内的城镇、山脉，甚至较大的村庄、寺庙在图上都有标注。刘伟晨又拿起其他几张纸粗略地看了一下，发现这些都是安徽境内主要城市的地图。他非常高兴，看着李鸿章说：“多谢李部长，这些地图，对我军的行动有很大的帮助，对攻取武昌会起到很大的作用，谢谢你!”
李鸿章说：“刘参谋长太客气了，你我都是共同为取得胜利努力，何须言谢。”
刘伟晨说：“部队会在泸州休整两天，您可以趁此机会回合肥县家里看看！”
李鸿章说：“多谢参谋长关心，除了大哥李瀚章在广州任职之外，其余的家人都在我军控制区，合肥老家已经没有我的亲人了，不去也罢。更何况现在是战时，一切以行军打仗为先，老夫不敢因私废公啊！”
刘伟晨说：“李副部长精神可嘉，你身经百战经验丰富，对武汉三镇地理环境很清楚，官僚机构和兵力部署也熟悉，下一步的作战行动，还需你鼎力相助啊！”
李鸿章说：“老夫愿意效犬马之劳，随时听候吩咐！总参谋长军务繁忙，我就不打扰了！”说完告辞离开。
刘伟晨在作战会议上指着墙上挂着的安庆地图，说：“同志们！我们部队进攻泸州府没有费吹灰之力，但是，下一步所进攻的安庆就不会那么容易了。现在大家所看到的是安庆县的地图。这里的地理位置十分重要，如果我军占据了这里，进可攻打湖口，退可守卫泸州。而且这里还有安庆军械所，这个工厂可以生产步枪、子弹和手榴弹，我军占领这里之后，可以得到军火补充。所以清军在这里驻扎着较强的军队，城防工事也比较完备，夺取城池和军工厂的时候一定会遇到清军的抵抗，因此制定可行的作战方案非常必要，希望大家献计献策！”
徐浩峻说：“总参谋长！我认为安庆城驻守的军队虽然有一定的战斗力，但是，他们对我军的强大攻势应该早有耳闻，我估计，在得知我们雷霆纵队将要对安庆发动进攻的时候，驻守的清军虽然没有像泸州府的守军那样跑了，也应该早已人心惶惶。在此情况下，我建议，进攻时一定要声势浩大，展示我军战无不胜的气势，给守军造成精神上的压力！”
江云峰说：“安排部队首先进攻安庆北门，并截断北门外的大道，防止江西境内的清军增援安庆。”
徐浩俊补充说：“我们部队的后勤保障也很重要，要保障我方的援兵及物资可以源源不断的运往前线！”
刘步蟾建议：“在陆军发动进攻的同时，海军应以舰炮火力封锁安庆南面的长江水面，防止敌人由水路增援安庆！”
刘伟晨说：“我同意大家的意见和建议，按大家的意见组织实施，分头准备吧！”
雷霆纵队第一舰队的福远舰以每小时十节的航速向安庆进发，被守卫江防炮台的清军发现后，立即开炮射击，一股股水柱在福远舰周围的水面上升腾起来。
军舰遭到袭击后，福远舰立即拉响了战斗警报，舰长一面指挥士兵开炮还击，一面命令瞭望兵发旗语向旗舰定远舰报告情况。刘步蟾得到报告后，说：“传令兵！命令各舰呈战斗队形加速前进，去支援福远舰！”
就在海军和敌人交火的时候，陆军也遇到了麻烦，在行军过程中突然从路旁的树丛中飞出几支羽箭，毫无声息的射中了走在队伍一侧的副营长，副营长在毫无防备的情况下“啊呀！”一声中箭倒地。连长见状喊道：“发现敌人，卧倒，还击！”并立即开枪向发射羽箭的地方射击，战士们也都开枪射击。
一阵枪响之后，连长看了看没有动静，向战士们摆手示意停止射击。说：“一排长，带几个人迂回过去看看怎么回事，小心点！”
一排长说：“是！”转身冲着身后的士兵一挥手说：“一班跟我来，向左边匍匐前进！二班长带队向右边迂回！”
一排长带着士兵向着刚才射来羽箭的地方爬去，小心翼翼的到了近前，发现树丛中有三个人倒在地上，都是猎人的装束：头上戴着草帽，身上穿着粗布衣服，手里拿着弓，背上背着箭袋，已经被击毙了。又向周围看了看，没有发现什么。
一排长向连长报告说：“连长！我们在树丛发现了三具猎人的尸体，肯定是他们在向我们射箭！”
连长过去看了看说：“这几个猎人肯定是清军乔装改扮的，他们用冷箭射杀我们的士兵，企图阻击迟滞我军，我估计他们不会只派了这几个人，还会有很多人埋伏在我们经过的道路上。还有，我们那么多人，他们没有射击战士，而是单独射击我们的副营长，这里有什么猫儿腻吗？通讯员，将这个情况上报团部！”
江云峰得到报告后，经过分析，认为清军的偷袭行动虽然对我军不能构成大的威胁，但是他们的袭击目标不是士兵而是军官，冷不防的袭击，会对军官造成伤害，于是通知各部队：“所有军官全都把望远镜收起来，下马步行，士兵见到军官不要敬礼，放慢行军速度，注意搜索道路两侧，避免再发生此类情况”
江云峰收起望远镜，跳下战马，戴上钢盔，接过卫兵递过来的步枪拿在手里，俨然一副普通士兵的打扮。看到军长这样做，其他军官也纷纷下马换装。
刘伟晨知道后传令各军皆效仿第一军的做法以减少伤亡。事后证明这种做法果然迷惑了清军，减少了部队的伤亡。
化妆成猎人的清军有的被雷霆纵队发现后击毙，有的潜伏了好长时间，观察到雷霆纵队里没有当官的，不敢贸然行动，眼睁睁的看着雷霆纵队的人马从眼前经过，回去报告说：“没有发现雷霆纵队的军官，只看到他们的士兵，不知道怎么回事！”
清军军官说：“不会吧！军队没有军官指挥怎么行啊？你们一定是看错了！”